西方殖民者入侵前,长期由阿拉伯苏丹进行统治。1841年法国侵入马约特岛。1886年其他三岛也处于法国势力控制下。1912年正式沦为法国殖民地。1914年划归法国驻马达加斯加殖民当局管辖。1946年成为法国“海外领地”。1961年通过议会投票取得内部自治。1973年与法国签订协定,法国被迫承认科摩罗独立。1975年7月6日,科摩罗议会通过决议,宣布独立。阿卜杜拉出任第一任总统。1975年8月3日原自治政府工程部长阿里·萨利赫等人发动政变,1976年1月萨利赫当选为总统,1978年5月,萨利赫政权被推翻,阿卜杜拉又当选总统,同年10月22日,改国名为科摩罗伊斯兰联邦共和国。1990年赛义德·乔哈尔当选总统,组成科独立以来的第一个多党联合政府。 1995年9月,科前总统卫队长、雇佣军头目、法国人德纳尔发动军事政变,囚禁乔哈尔总统,卡阿比总理成立过渡政府。乔哈尔获释后被送往留尼汪“治病”,并宣布成立合法政府,科出现两个政府共存局面。1996年1月,总统派和总理派实现和解,于3月16日组织新的总统选举,穆罕默德·塔基·阿卜杜勒卡里姆(Mohamed Taki Abdoulkarim)当选总统。1997年7月,昂儒昂岛要求脱离科摩罗归属法国,10月宣布独立。1998年11月塔基病逝,塔基丁出任代总统。1999年4月19-23日,科各岛和各党派代表在非洲统一组织和马达加斯加等主持下召开岛际会议并达成《塔那那利佛协议》,规定成立科国家联盟,各岛实现高度自治,但昂岛代表拒绝在协议上签字。4月30日,科军参谋长阿扎利上校发动军事政变上台。2001年12月23日更名为科摩罗联盟。